La révolte au Chiapas menée par l'Armée zapatiste de libération nationale débuta le 1^er janvier 1994, dans le sud-est (sureste) du Mexique avec la prise de San Cristóbal de las Casas et de plusieurs autres villes (Ocosingo, Las Margaritas, Altamirano et Comitan).

 La sédition s'est en fait installée dans la durée depuis cette date, la volonté de l'EZLN, émanation de communautés indigènes – qui a pris forme clandestinement au cours des dix années précédentes (1983-1993) – est de devenir un interlocuteur incontournable de la cause indigène (tous n'adhérant pas ou intégrant d'autres groupes, parfois très hostiles les uns envers les autres, la majorité étant souvent indifférente aux combats politiques et se contentant de défendre des intérêts purement économiques, ils forment près de 40% de la population) de l'Etat fédéré du Chiapas (3,8% du territoire national).

Géographiquement, cette insurrection contre le pouvoir en place n'a concerné que des zones reculées du Chiapas, situées dans la jungle et habitées par des peuples mayas dont les Lacandons.

Des indigènes ont aussi formé des groupes qui ne sont pas en accord avec les principes zapatistes, il existe de puissantes associations qui regroupent de nombreux sympathisants, mais qui sont peu connues à l'étranger et ne sont pas dans la ligne politique des altermondialistes.

 Des groupes plus radicaux comme l'EPR (Ejército Popular Révolucionario, Armée populaire révolutionnaire) - très peu présente au Chiapas et opérant surtout dans les Etats voisins d'Oaxaca et du Guerrero - ont dénoncé le pacifisme de l'EZLN et mené des actions de guérilla depuis 1996, attaquant dernièrement (fin juillet 2007) une prison au Chiapas.

On pourrait nommer cette révolte le soulèvement de l'Armée zapatiste de libération nationale, si cette initiative, de ses revendications à la forme qu'elle a pris, n'était indissociable de sa base, les paysans indigènes du Chiapas, qui profitèrent de la résistance active mise en place pour occuper des milliers d'hectares de terre et alerter l'opinion publique mondiale sur la nature de leur dénuement : il s'agit donc bien plus d'un large mouvement social que d'une épisodique insurrection.

1994 : guerre de basse intensité]

Ce 1^er janvier entrait en vigueur l'accord de libre-échange nord-américain, qui plaçait sur le même plan les productions intensives du Corn Belt et les cultures agricoles vivrières pratiquées par les peuples indigènes qui figurent parmi les grands propriétaires de cet Etat (plus de 600000 hectares accordés aux Lacandons par le gouvernement du PRI dans les années 70) dans la jungle Lacandone : concrètement, les peuples indigènes incapables de se moderniser devaient cesser de cultiver leurs terres pour acheter les produits à moindre coût au nord du continent, ce qui fut le motif insurrectionnel.

 La pancarte indique en espagnol : « Vous vous trouvez en territoire rebelle zapatiste. Ici la population donne les ordres et le gouvernement lui obéit.
Zone nord. Assemblée de Bon Gouvernement. Le trafic d'armes, la production et la consommation de drogues, de boissons alcoolisées et les ventes illégales d'essences d'arbres sont strictement interdites. NON à la destruction de la Nature. »
Photo prise en 2005 sur l'autoroute 307, au Chiapas ; (ce panneau n'existe plus en octobre 2007 il a été détruit par les intempéries)

Elle était menée par le sous commandant Marcos qui développait autour de son personnage un ensemble de symboles vestimentaires et un discours anti-impérialiste de résistance. Son identité fut révélée en 1995 par la police mexicaine, il s'agirait d'un fils de la classe moyenne (père petit commerçant à Tampico, dans l'Etat de Tamaulipas) ayant fait des études supérieures à Mexico, d'autres sources assurent qu'il serait issu d'une des familles les plus fortunées du pays.

Les premières opérations furent la prise et l'occupation pendant vingt-quatre heures de San Cristóbal de las Casas et de quatre autres communes importantes par les rebelles. Les insurgés repartirent ensuite d'où ils étaient venus, dans les Hautes Terres (Altos) du Chiapas ou dans la Selva Lacandona

Nombre de morts dus à ces événements

1995 : observateurs internationaux]

Le gouvernement du Parti révolutionnaire institutionnel, membre de l'internationale socialiste, décrié autant par son opposition de droite que par celle de gauche qui l'accusent d'immobilisme dans la gestion des problématiques quotidiennes des populations rurales du Mexique, réagit à cette sécession par une guerre de basse intensité sur le plan régional, au Chiapas. Certains insurgés faits prisonniers sont achevés sur place (comme le 2 janvier 1994 à Ocosingo) ou, par la suite, jetés en prison, d'autres paysans indigènes, qui ne réclamaient que des hôpitaux, des routes, des réseaux de distribution d'eau potable, l'électricité, des réseaux de distribution des biens modernes, d'assainissement des eaux, le furent aussi.

 Avec la mise en place des communes autonomes (municipios autonomos) dès la fin de l'année 1994, puis celle des conseils de bon gouvernement (Juntas de Buen Gobierno), coordonnant l'action de ces communes, en août 2003, les paysans zapatistes assument par leurs propres moyens, avec l'aide de la société civile mexicaine et internationale, la construction de leur propre système de santé et d'éducation, tout comme la production et la commercialisation du café à travers plusieurs grandes coopératives.

Les zapatistes, lancèrent  la contestation par de nombreux appels à la presse internationale. Le gouvernement mexicain, qui connaissait l'origine priiste de l'EZLN, cessa rapidement, le 12 janvier 1994, de faire ouvertement des martyrs, ce qui ne pouvait que lui aliéner encore plus l'opinion publique.

Il résulte de ces appels six déclarations de la forêt Lacandone (la dernière en date est celle de juin 2005) et une multitude de textes non dénués d'expression poétique mêlés à des références culturelles aux Mayas et à la culture révolutionnaire mexicaine, ainsi qu'à l'expression des revendications de Marcos pour plus de démocratie, sans pour autant jouer le jeu des institutions en place. Ils sont en revanche sans ambiguïté concernant la résistance à l'impérialisme américain qui considère les ressources du continent américain comme son pré carré

Quoique, à l'occasion d'une offensive militaire gouvernementale en février 1995, le président Ernesto Zedillo ait révélé l'identité du sous-commandant Marcos, la légende du rebelle au passe-montagne fumant la pipe dans les jungles du Chiapas s'est durablement installée chez les altermondialistes. Le slogan ¡Ya basta! (paradoxalement en espagnol et non dans une langue indigène) avait fait le tour de l'Occident et était repris par des articles spécialisés dans la presse mondiale.

Alors que Marcos est manifestement un intellectuel éduqué issu de la haute bourgeoisie, un citadin qui a rejoint la cause dite indigène, ses compagnons de l'EZLN proviennent des peuples mayas locaux, parmi lesquels les Tzotzils, les Tzeltals  les Chols et les Tojolabals.

Les accords de San Andrés

La réélection du président Clinton en 1996 fut mal perçue par certains politiciens au Chiapas, où des observateurs internationaux avaient pu mesurer un effet détourné des mesures prises par le gouvernement pour circonscrire la révolte : le développement d'infrastructures routières demandées par la population pour désenclaver la région qui se sentait isolée et abandonnée, ne pouvant qu'avec difficulté se déplacer, ces routes seraient utilisées par les blindés légers achetés aux États-Unis et à la France par les Mexicains, l'armée accédant aux zones où l'EZLN s'était implantée auprès des indigènes, elle favoriseraient aussi le départ des jeunes vers les villes ou le nord du continent. Les troubles au Chiapas découragèrent des investisseurs nationaux ou étrangers. De très nombreux jeunes hommes quittent leurs villages pour le rêve américain, privant le Chiapas d'une grande partie de ses forces vives.

Au Mexique, le mot indio (« indien ») est dévalorisant et à connotation raciste. Il faut préférer le terme « indigène ».

Les reportages se succédèrent et donnèrent la parole directement aux paysans et non au porte-parole Marcos, révélant la condition des travailleurs dans les grandes compagnies de production agricoles assortie de paupérisation et de spoliations, et le contraste avec les premiers résultats obtenus par la région autonome : reprise de l'éducation, développement d'infrastructures, systèmes d'échanges et de partage, parole donnée aux femmes concernant la consommation de drogues et d'alcool dans les communautés, la violence intra familiale, la lutte contre le machisme,. Dépassant la simple révolte régionale, des journalistes et surtout un réseau de solidarité internationale se firent l'écho des peuples du Chiapas en lutte.

Ces prémices ne portaient pas encore le nom d'altermondialisme. Le nom donné à la première rencontre intercontinentale par Marcos, en 1996 donnant la désignation explicite du système à combattre, le néolibéralisme, pour ce qui unit les rebelles dans leur diversité à travers les cinq continents, l'humanité.

L'année suivante, la seconde rencontre intercontinentale contre le néolibéralisme et pour l’humanité se déroula en Espagne. Début février 1998 était inaugurée la coordination nommée Action mondiale des peuples, ce qui achevait de dépasser le cadre local de cette révolte du Chiapas. L'EZLN, bien que sans danger d'un point de vue militaire, a servi aussi de prétexte aux nationalistes qu'ils soient de gauche ou de droite pour militariser le Chiapas, allant à l'encontre de la politique du PRI qui au cours des décennies précédentes a réussi à minimiser le pouvoir des militaires. Plusieurs campements permanents de l'armée ont été installées à proximité immédiate des communes autonomes (municipios autonomos) et des centres civils de coordination, les Caracoles, zapatistes, ce qui fit dire aux militaires que les zapatistes bien qu'involontairement facilitaient le trafic de drogues dans la région en détournant les troupes affectées à le combattre.